دغدغه آیت الله خامنه ای در امر پژوهش ، تولید علم است.

ایشان عنوان می کنند که: «آنچه مهم است، تولید علم است. تولید علم یعنی شکستن مرزهای علم و پیشرفت کردن، با تحصیل علم و تبحّر در علوم تفاوت دارد. نه اینکه به دومی نیاز نیست، اما دومی کافی نیست. اینکه نوشته و تحقیق و فرآورده های ذهن دانشمندان در زمینه علوم مختلف، چه علوم انسانی، چه علوم تجربی بیاید و خوب دانسته شود و همین ها محور تشخیص و معرفت نهایی انسان شود، چیز مطلوبی نیست، ما می بینیم که در زمینه های مختلف تحقیق و پژوهش و رسیدن به نظریه در دنیای مادی و دنیای غرب، مبنای قابل قبول و مورد اعتماد نبوده، بخصوص در زمینه علوم انسانی که در علوم تجربی و در فناوری هم اثر خودش را نشان می دهد.»

^{بیانات سال ۱۳۸۳}